A los dieciséis años ganó por oposición una plaza de alumno interno en el Colegio de Medicina de San Carlos en la capital de España y a los veintitrés años era Profesor de Número en el Hospital General. Se doctoró en Medicina y Cirugía en 1846 y el año siguiente obtuvo por oposición la cátedra de Historia Natural de la Facultad de Filosofía de la Universidad de Valladolid y gracias a él  se inició el Departamento de Historia Natural en ese centro universitario. En 1855 se doctoró en Ciencias, sección de Naturales.

En la ciudad castellana permaneció hasta 1853, año en el que pasó a ocupar la cátedra del mismo nombre en el Instituto San Isidro de Madrid, centro del que fue su director desde 1870 hasta su fallecimiento y donde, como había hecho antes en Valladolid, creó el Gabinete de Historia Natural. Amplió el museo de ese centro de tal forma que pasó de los 206 ejemplares que poseía en 1853 a los 12.000 con los que contaba cuando murió Pereda. Fue director de ese importante Instituto desde 1870 hasta 1886.

El 15 de marzo de 1871, con otros 13 reputados científicos —entre los que estaban Ignacio Bolívar y Urrutia (1850-1944), Miguel Colmeiro y Penido (1816-1901), Joaquín González Hidalgo (1839-1923), etc.— fundó la Sociedad Española de Historia Natural, institución de la que fue su Presidente en 1869.

Sandalio Pereda escribió diversos libros de texto  y entre ellos destaca su Programa razonado de un curso de nociones de Historia Natural (1858), que llegó a ver diez ediciones entre 1858 y 1891 y que, en el contexto evolucionista de la época, considera —en la edición de 1870— que el hombre, aunque pertenece al Reino Animal, ya que posee una serie de características únicas, se puede adscribir (como hacen otros biólogos de su tiempo) a un Reino propio: el Hominal.

Era individuo de número de la Real Academia de Medicina (1860), de la de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales (1868), de la Sociedad Española de Historia Natural (1869), correspondiente de las de Ciencias de Barcelona y Méjico,  consejero de Instrucción Pública (1874),

Falleció en Madrid el 15 de diciembre de 1866.

De familia hidalga, en 1719 ingresó en la Orden de los agustinos y después de estudiar Teología en los colegios de Salamanca y Valladolid, se doctoró en Ávila y Alcalá (1729), ciudad donde ocupó los cargos de Rector del colegio de los agustinos y de catedrático de Teología de la Universidad (1751).

En Alcalá empezó sus trabajos de investigación histórica, principalmente relativos a la diplomacia, medallas y numismática antiguas.

Hombre de vasta cultura tenía, además, buenos conocimientos de italiano, francés, portugués, hebreo y griego. Era académico de la Real Orden de Caballeros de Valladolid, miembro de la Academia del Buen Gusto de Zaragoza, y académico de la Real de Inscripciones y Bellas Letras de París.

Su obra más importante empezó a publicarse en 1747 y finalizó después de su muerte. La forman los 29 volúmenes de una geografía histórica de la Iglesia española: España Sagrada. Teatro Geográfico-Histórico de la Iglesia de España.

En la segunda mitad del siglo XVIII dedicó buena parte de su tiempo al estudio de la historia natural, llegando a formar una colección importante. En efecto, en 1750 en el monasterio madrileño de San Felipe el Real, formó un museo con las piezas que adquiría y con las que le enviaban desde diferentes lugares del mundo. Sabedor de su interés por la historia natural, el marqués de Grimaldi, ministro regio, encargó a Flórez el estudio del catálogo del gabinete de Pedro Franco Dávila, con objeto de que la Corona lo adquiriera.

Y es que Franco Dávila era un español oriundo de Guayaquil que residía en París y cuya afición por las ciencias de la naturaleza le hicieron crear, durante 25 años, un gabinete formado por objetos no sólo geológicos y biológicos, sino también por bronces, piezas de tierra cocida, medallas, miniaturas, etcétera. Este personaje, en 1767, se vio en la necesidad, por achaques de salud, de vender su museo y se lo ofreció a Carlos III; simultáneamente le remitió los tres volúmenes del catálogo que sobre el mismo acababa de imprimir en París: “Catálogo sistemático y razonado de las curiosidades de la naturaleza y del arte que componen el Gabinete del señor Dávila”.

La respuesta de Flórez a Grimaldi fue favorable a la adquisición de los materiales de Franco Dávila y, finalmente, con ellos se inauguró en 1776 el Real Gabinete de Historia Natural de Madrid.

En su extensa bibliografía se puede leer un discurso, dedicado al Príncipe do Carlos (más tarde Carlos IV), de tema biológico titulado Utilidad de la Historia Natural. Las primeras palabras del mismo nos dan una idea perfecta de lo que es la naturaleza para el padre Flórez:

“Cuanto Dios ha criado es para el hombre. Ninguna criatura tan rica y tan engrandecida. El mar lleno de margaritas con tan asombrosa variedad de habitadores que exceden el conocimiento de todos los mortales, es muy pobre en comparación de la hacienda que ha dado Dios al hombre”.

Falleció en Madrid el 5 de mayo de 1773.

Después de realizar los estudios de latinidad con un tío suyo sacerdote, a los catorce años marchó a Madrid para aprender rudimentos de Lógica, Física experimental, Química y Farmacia. Estudió Botánica en el Jardín de Migas Calientes (el primitivo Jardín de plantas de Madrid) bajo la dirección de Casimiro Gómez Ortega (1741-1818) y Antonio Palau Verdera (1734-1793).

Estuvo relacionado con las personalidades más influyentes de la ciencia y de la política de su tiempo por haberse casado con Remigia Gómez Martín, sobrina de Gómez Ortega, hombre poderoso desde el punto de vista social y económico.

Su hijo lo veía de esta manera: “…de regular estatura, más que medianamente grueso, pero de bellas proporciones, su tez algo morena, buena facciones, negro el cabello y los ojos, y éstos vivos y penetrantes, las cejas bien pobladas, su fisonomía grave, y en su cara estaba pintada aquella serenidad inseparable de un hombre de recto proceder. Su porte era sencillo con dignidad, su genio franco y muy generoso, pero grave y circunspecto; en sus tratos sumamente formal, veraz y consecuente, fue prudente, laborioso, parco y muy celoso por la gloria de su nación”.

El viaje científico a Perú y Chile, nacido como consecuencia de la aceptación del gobierno español de la propuesta francesa de explorar el virreinato de Perú, fue realizado durante los años 1777 y 1788 y representó un intento magnífico de aumentar la presencia científica y política de España en la Europa ilustrada. La Expedición a Perú y Chile, en la que se exploraron también territorios ecuatorianos, la formaron el científico de Belorado en calidad de “Primer botánico” y director del viaje, José Antonio Pavón Jiménez (1754-1840), “Segundo botánico”, José Dombey (1742-1794), médico y botánico francés agregado a la Expedición hasta 1785, los dibujantes José Casto Brunete Dubua e Isidro Gálvez Gallo y otros expedicionarios de segunda importancia: Juan José Tafalla, Juan Agustín Manzanilla, Francisco Pulgar y José Rivera.

Los científicos estuvieron herborizando en Suramérica, aunque Dombey regresó a Europa en 1785. La labor de los botánicos era la de recolectar diversos ejemplares, enviar a la Península plantas vivas, bulbos, brotes y cepellones que se multiplicarían en Madrid para que los botánicos los estudiaran con más detalle a su regreso. Cuando volvieron a España en 1788, trajeron consigo veintinueve cajones de herbarios y dibujos, así como más de cien plantas vivas para el Real Jardín Botánico. Por desgracia, su colección principal de cincuenta y tres cajones con ochocientos dibujos, plantas secas, semillas, resinas, bálsamos y minerales se perdió cuando el buque que los transportaba naufragó frente a la costa de Portugal.

En 1790, Ruiz obtiene el título de boticario que le habilita para “asentar y poner su botica pública” en Madrid, donde ejerce hasta de su fallecimiento.

En 1792 publica el primer resultado de la Expedición: Quinología, o tratado del árbol de la quina o cascarilla, obra que tuvo un gran éxito en el mundo científico como lo prueba el hecho de que, muy pronto, se tradujo al italiano (1792), al alemán (1794) y al inglés (1800).

No obstante, las mejores aportaciones científicas de Ruiz las realizó en colaboración con su compañero de expedición Pavón y así, las iniciales de ambos nombres (R. et P.), que siguen a un gran número de plantas americanas, son una prueba evidente de su labor pero sólo una pequeña porción de la impresionante obra de los dos botánicos que, en gran parte, quedó inédita.

En 1794, aparece un pródromo en el que los botánicos españoles describen los nuevos géneros descubiertos y en 1798 ve la luz el primer volumen de una impresionante obra botánica: la Flora Peruviana et Chilensis; en 1799 y 1802 salen de la imprenta los volúmenes segundo y tercero. La obra contiene 758 descripciones y 325 láminas, que suponen 558 dibujos de otras tantas especies. La obra total había de tener 3000 descripciones y 2000 láminas y aunque hacia 1804 el cuarto volumen está terminado, los científicos son conscientes de la imposibilidad de dar a conocer los doce tomos de la obra. Ésta contiene los nombres científicos y vernáculos de las plantas, las descripciones de las mismas, la comarca geográfica que ocupan y las diferentes aplicaciones de los vegetales, sean de uso alimenticio, terapéutico, industrial, etc. También en 1798 aparecen el Systema vegetabilium Flora Peruvianæ et Chilensis, firmado por ambos botánicos, y el De vera fuci natantis fructificacione, escrito sólo por Ruiz, obra donde trata de los sargazos.

Ruiz considera a la Botánica como una ciencia útil en cuanto que se encuentra al servicio de la Farmacia y, por tanto, muchos de sus trabajos los realiza en función del interés terapéutico del vegetal; por ello escribe: “…a quien de poco serviría la estéril habilidad de distinguir todas las plantas del Universo, ignorando sus propiedades y usos que pueda hacerse con ellas”. De este carácter son muchos trabajos suyos y sus interesantes Disertaciones sobre la raíz de la Ratanhia, de la Calaguala y de la China y acerca de la yerba llamada Canchalagua (1796), que constituyeron su memoria de ingreso como Académico Supernumerario (1794) en la Real Academia Médica Matritense.

El más excelente de los botánicos españoles, Antonio José Cavanilles (1745-1804), le dedicó el género botánico Ruizia. Con él tuvo una fuerte polémica científica: la Botánica entendida como disciplina farmacéutica frente a la Botánica como disciplina científica per se, actitud de Cavanilles (y del compañero de expedición Pavón).

Además de a la Academia citada, perteneció, entre otras, a la Academia de Ciencias Naturales de Berlín y a la Academia de Medicina Práctica de Montpellier.

Falleció en Madrid en 1816, a consecuencia de una pérdida masiva de sangre por las fosas nasales.