Penúltimo de una familia de doce hijos, estuvo interesado desde muy pequeño por la naturaleza. Sin embargo, obedeciendo los deseos paternos, inicia en 1839 la carrera eclesiástica en el Seminario de Gerona. Después va a Barcelona, donde compagina los estudios religiosos con las clases de Botánica aplicada a la Agricultura, conocimientos que se impartían en la Escuela de la Junta de Comercio, donde fue alumno de Miguel Colmeiro (1816-1911).  En 1845, en Gerona, se hace Bachiller en Filosofía y en 1847, abandona los estudios eclesiásticos e ingresa en la Facultad de Medicina de la Universidad de Barcelona.

Debido a sus amplios conocimientos botánicos, recolectaba plantas de la región para venderlas y obtener unos beneficios que le permitieran vivir.

Aunque no abandonó la carrera de Medicina, se desplazó a la capital de España y desde 1851 fue Colector botánico en el Museo de Ciencias Naturales de Madrid. En 1854 obtuvo el grado de Bachiller en Medicina y Cirugía por la Universidad Central.

A Valdemoro acudió como médico para prestar sus servicios en la epidemia de cólera y, en esta población madrileña, conoció a Tomasa del Olmo, con la que se casó en  1856 y tuvo tres hijos.

Al suprimirse su plaza en el Museo de Ciencias Naturales, en 1857 fue nombrado Ayudante de las cátedras de Botánica de la Facultad de Ciencias y después responsable de la biblioteca del Jardín Botánico.

En 1862 Isern fue propuesto por el profesor de Zoología Mariano de la Paz Graells (1809-1898) y, el ya citado, Colmeiro como botánico principal de una expedición político-militar en la que también iba a participar un grupo de naturalistas: la Comisión Científica del Pacífico (1862-1865), la más importante expedición ultramarina de la España de Isabel II. Y es que el director general de Instrucción Pública quería ejemplares americanos para los museos y, además, pensaba en la aclimatación de diversas especies para un parque zoológico como el que se quería crear en Madrid. En los años expedicionarios viajó, junto con otros naturalistas, por Canarias, Cabo Verde, Brasil, Uruguay, Argentina, Chile, Bolivia, Perú y Ecuador.

Cuando se ordenó la suspensión de la expedición científica, Isern, Francisco de Paula Martínez y Sáez (1835-1898), Marcos Jiménez de la Espada (1831-1898) y Manuel Almagro (1834-1895), decidieron prorrogar la misma sin contar ya con la ayuda militar y se les permitió continuar su trabajo en el territorio americano. Estos científicos realizaron lo que se denominó El Gran Viaje, que llevó a la muerte al gerundense cuando exploraba el río Napo, afluente del Amazonas, ya que en la misma contrajo una enfermedad tropical que le produjo un fallo hepático por el que falleció el 23 de enero de 1866 en Madrid, dos semanas después de haber llegado a la Península. Conviene recordar que la importante obra científica de Juan Isern no tuvo reconocimiento público de gratitud por parte de las autoridades, ni recibió ningún homenaje oficial. A su viuda e hijos se les asignó una lastimosa pensión de 35 pesetas mensuales.

La labor de los expedicionarios fue extraordinaria y la parte botánica, de la que el principal responsable fue Isern, dio como resultado la colección de 8.176 especies vegetales que envió a España perfectamente catalogadas. La Comisión realizó sobre esta importante expedición una exposición en mayo de 1866 en el Real Jardín Botánico de Madrid. En los años 30 del siglo XX, el también botánico gerundense, José Cuatrecasas (1903-1996) estudió la colección de Isern.

Finalmente, científicos europeos de importancia tales como Graells, Trelease, Philippi, Willkomm, Cuatrecasas, le han puesto su nombre a diversas especies vegetales. Así, por ejemplo, la especie Centaurea isernii, de la familia  Compuestas, nominada de esta manera por Willkomm.

Vino al mundo en el seno de una familia numerosa (eran siete hermanos) de escasos recursos; ya trabajaba a los ocho años en una fábrica de cerillas de su ciudad de nacimiento y luego estuvo de barrendero en el Seminario de Gerona, donde terminó los estudios que había empezado en su pueblo natal.

En 1887 ingresó en el noviciado de la Compañía de Jesús en la localidad zaragozana de Veruela y en el curso 1892-1893 estudió Filosofía en Tortosa. Durante el periodo 1893-1895 marchó a Exaten y Valkenburg (Holanda) donde se inició en las Ciencias Naturales. En 1895 volvió a España y enseñó Historia Natural en el Colegio de los jesuitas de San José de Valencia. A partir de 1901 continuó sus estudios eclesiásticos en Tortosa y en 1905 se ordenó sacerdote.

De nuevo marchó al extranjero (1906) para aumentar sus conocimientos biológicos: estuvo en la Universidad de Innsbruck, la Estación Zoológica de Trieste y el Instituto Embriológico de Viena. En Innsbruck estudia, durante medio año, Zoología con el profesor Heider y Botánica con Heinricher. Marcha al Instituto Embriológico de Viena, que a la sazón dirige el profesor Wiesner, y durante un año y medio completa su tesis doctoral que titula “Die Frage der Riesenzelle bei der Entwicklung der Maus”, en la que demuestra el origen de ciertas células placentarias.

Antes de finalizar el verano de 1908 Jaime Pujiula regresa a España y ejerce como docente de Biología en el Colegio de la Compañía de Tortosa y se instala en un local de unos cuarenta metros cuadrados del edificio que se había construido en Roquetas. Esto era el germen de lo que en 1910 se convirtió en el Laboratorio Biológico del Ebro. En 1916, los centros docentes de Biología y Química ubicados en la población tarraconense se trasladaron a Barcelona, al barrio de Sarriá, y tomaron el nombre de Instituto Biológico de Sarriá e Instituto Químico de Sarriá respectivamente.

Pujiula fue el responsable durante muchas décadas del Laboratorio Biológico de Sarriá, que proporcionó conocimientos biológicos, principalmente de naturaleza microscópica, de carácter teórico-práctico. En un primer momento se enseñaba Citología general, Histología animal y vegetal, Embriología animal y Botánica descriptiva, más tarde se haría lo mismo con la Bacteriología y con los grandes problemas generales de la biología. Además, el Laboratorio Biológico admitía a especialistas que quisieran dedicarse a estudios de investigación personal. En este centro el jesuita de Besalú dio durante muchos años numerosos cursos de Biología en jornadas de trabajo intensivo.

Publicó muchos libros y artículos de naturaleza biológica. Entre los primeros hay que destacar, aparecido en 1914, la Citología. Parte teórica, a la que siguió muy pronto, en 1918, un grueso volumen complementario: Citología. Parte práctica, técnica y observación. Estos textos de tuvieron varias ediciones. Cuando ya había fallecido el biólogo gerundense apareció la cuarta edición de una de sus obras más significativas: Manual completo de biología moderna, macro y microscópica (1960), cuya primera edición se podía leer ya en 1921. Asimismo, hay que resaltar su Histología, embriología y anatomía microscópica vegetales, o sea los tejidos vegetales, sus orígenes y relaciones (1921) y, principalmente, los dos volúmenes sobre la Embriología del hombre y demás vertebrados (1922-23) que es, probablemente, la más importante de todas las que, con una orientación pedagógica, escribió el biólogo español.

Finalmente, hay que señalar que el jesuita gerundense también escribió en latín alguna obra para la enseñanza de asuntos de fisiología y anatomía humanas relacionados con la moral: De medicina pastorali recentiores quaestiones que sedem exploratum.

Su actividad fue incansable. Publicó un gran número de artículos científicos en diversas revistas, entre las que hay que destacar: Boletín de la Sociedad Aragonesa de Ciencias Naturales, Boletín de la Sociedad Ibérica de Ciencias Naturales, Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural, Butlletí de la Institució Catalana d’Història Natural, Revista de la Real Academia de Ciencias de Madrid, Treballs de la Societat de Biologia, Razón y Fe, etc.

Participó en muchos Congresos de La Asociación Española para el Progreso de las Ciencias (donde aparecían trabajos de los más importantes científicos españoles de su época); en 1908 ingresó en la Sociedad Aragonesa de Ciencias Naturales, más tarde Sociedad Ibérica de Ciencias Naturales, institución de la que en 1929 fue Vicepresidente y el año siguiente Presidente; ingresó, en 1921, en la que hoy es Real Academia de Medicina de Cataluña; entre 1925 y 1928 fue Presidente de la Institución Catalana de Historia Natural, de la que formaba parte desde 1917; era académico de la de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales desde 1940; también fue miembro del Instituto Médico Valenciano, etc.

El jesuita fue una personalidad integrada en muchas de las manifestaciones españolas de los diferentes ámbitos de la biología, muy especialmente en los campos citológico, histológico y embriológico, en los que realizó numerosas investigaciones, aunque también fue uno de los primeros españoles que se ocuparon de las teorías de la herencia.

Se mostró contrario al evolucionismo a lo largo de toda su vida de una forma drástica, bien es cierto que aceptó algunos aspectos del darwinismo siempre que no fueran utilizados para explicar la aparición de la vida en nuestro planeta ni el origen del hombre. El padre Pujiula también se interesó por la paleontología y evolución humanas y algunos de sus trabajos sobre estos asuntos aparecieron en la revista Ibérica.

Pujiula rechazaba un origen natural de la vida, para lo que se basaba en los hechos, perfectamente demostrados por Pasteur y Tyndall, sobre la imposibilidad de la generación espontánea. Con ello consideraba que la obra de la Naturaleza es dependiente de su Creador.

Finalmente, el jesuita de Besalú, se adentró, en los últimos años de su vida, en la psicofisiología. Así, la revista Ibérica publicó, en 1953 y 1955, dos trabajos suyos sobre los reflejos condicionados en los que explicaba que este aprendizaje era similar en el hombre y en el resto de los animales.

Falleció en Barcelona el 15 de diciembre de 1958.

Su padre le preparó para obtener, en 1918, el título de Bachiller en el Instituto General de Barcelona, ciudad donde obtuvo 5 años después, con Premio Extraordinario, la licenciatura en Farmacia. En 1928, en la Universidad de Madrid, logró el doctorado defendiendo una tesis de botánica: “La flora y la vegetación del Macizo de Mágina”. Este trabajo se convirtió en referente de los estudios botánicos de un territorio.

En 1927 marchó a la Universidad de Ginebra para trabajar en fitogeografía con el profesor Chodat y, de vuelta a España, en 1928, con Pío Font Quer (1888-1964), editó la revista botánica Cavanillesia. También participó en la redacción del Butlleti de la Institució Catalana d’Historia Natural y publicó numerosos trabajos en el Boletín de la Real Sociedad Española de Historia Natural.

En 1931 obtiene la cátedra de Botánica Descriptiva de la facultad de Farmacia de la Universidad Central de Madrid, cargo que desempeña hasta 1939 cuando, terminada la Guerra Civil, se exilia.

En 1932 se celebra en Colombia el bicentenario del nacimiento de José Celestino Mutis y, representando al Gobierno español, va el catedrático de Botánica. Atraído por la espectacularidad de la flora colombiana marcha, con el material recolectado, al Jardín Botánico de Berlín, donde se le ofrecen medios para la determinación de las muestras. Allí se relaciona con los científicos alemanes y conoce a una checa de nombre Martha Maria Nowack (su profesora de alemán) con la que se casaría el 27 de julio de 1933 y con la que tuvo tres hijos. A partir de entonces, en la medida de lo posible, realiza el siguiente periplo anual: viaja a Colombia en abril, donde trabaja hasta julio o agosto; desde ese mes hasta octubre estudia en Alemania los materiales colombianos; el resto del año lo pasa en España en su cátedra universitaria y en la Sección de Flora Tropical del Real Jardín Botánico de Madrid, de la que fue su jefe (1933-1939). Ocupó la dirección del Jardín desde 1937 hasta el final de la Guerra Civil.

Fruto de su estancia en Alemania son sus “Observaciones geobotánicas en Colombia” y el “Resumen de mi actuación en Colombia con motivo del II centenario del nacimiento de Mutis” que se publican en 1936 en la revista Trabajos del Museo Nacional de Ciencias Naturales, Serie Botánica.

En 1939 se exilia a Colombia, que le recibe con los brazos abiertos. Allí realiza multitud de investigaciones de carácter taxonómico y corológico, describe más de un millar de especies nuevas, hace expediciones científicas con otros botánicos por el país, pero también por Venezuela, Costa Rica, Trinidad, Brasil, etc. Su impresionante labor científica le ha merecido el honor de ser honrado taxonómicamente por otros botánicos que le han dedicado 4 géneros y más de 60 especies.

En Colombia fue Profesor del Instituto Botánico de la Universidad Nacional de Bogotá (1939-1942), Director de la Escuela de Agricultura Tropical en Cali (1942-1943), Director de la Comisión Botánica del Valle y Profesor de la Facultad de Agronomía del Valle, en Cali (1943-1947).

En 1947 fijó su residencia en los Estados Unidos, donde trabajó hasta 1950 como Curator of Colombian Botany del Museo de Historia Natural de Chicago y, desde 1953 hasta 1955, como investigador de la National Science Foundation para el estudio de la Flora Colombiana en el mismo Museo. Posteriormente, pasó a ser investigador asociado de la Smithsonian Institution Natural History Museum desde 1955 hasta 1977, año en el que se jubiló pero que no afectó a su labor científica, ya que desde entonces hasta su fallecimiento ocupó, en esta Institución, el puesto de Investigador Asociado (jubilado).

En su importante labor bibliográfica sobresalen la Prima Flora Colombia (1957-1958) y la Flora Neotrópica, obra que fue patrocinada por la UNESCO y en la que el botánico español fue su Director Científico desde 1964 hasta 1971.

En la actualidad, uno de los herbarios más importantes de Colombia lleva su nombre. El “José Cuatrecasas Arumí”, de la Universidad Nacional Sede Palmira, alberga 1412 géneros, 4388 especies, 14000 ejemplares determinados y 3500 sin determinar. Aunque fue fundado por Ester Dryander y Jesús Duque Jaramillo, su gran impulsor, en las décadas de los 40 y 50, fue el gerundense, que realizó numerosas expediciones en las que recolectó miles de especies que forman parte del herbario.

Fue Miembro Honorario de la Sociedad Geográfica de Colombia (1936), de la Academia Colombiana de Ciencias (1937), del Instituto Ecuatoriano de Ciencias Naturales (1968), de la Intitució Catalana d’Historia Natural (1974), Cruz de Boyacá del Gobierno de Colombia (1959), Premio Henry Alian Gleason del New York Botanical Garden por la publicación de su trabajo “A taxonomic revisión of the Humiriaceae”(1963), Curador Asociado, ad honorem del Museo Nacional de Costa Rica (1978), Director Honorario del Real Jardín Botánico de Madrid (1983), Gran Cruz de la Orden del Mérito Civil del Gobierno español (1986), Gran Cruz de Alfonso X el Sabio de Gobierno español (1995), etc.

Aunque desde 1939 no se estableció definitivamente en España, donó su archivo, su colección fotográfica y su excelente colección de tipos nomenclaturales al Real Jardín Botánico de Madrid y su biblioteca al Instituto Botánico de Barcelona.

José Cuatrecasas falleció el 24 de mayo de 1996 en Washintong D.C.